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面试题:Fortran数组与并行计算及异构计算中的应用

在Fortran环境下,结合MPI和OpenACC,实现对一个大型三维数组的并行求和计算。数组大小假设为1000×1000×1000,元素类型为双精度浮点数。要求详细描述如何划分数据、如何利用MPI进行进程间通信以及如何利用OpenACC进行GPU加速。阐述在异构计算环境下,Fortran数组数据布局对性能的影响及如何优化。
30.6万 热度难度
编程语言Fortran

知识考点

AI 面试

面试题答案

一键面试

1. 数据划分

为了利用MPI和OpenACC实现并行求和计算,我们可以按块划分三维数组。例如,在MPI中,可以根据进程数量将数组在一个维度上进行划分(如在z维度划分)。假设有nproc个MPI进程,每个进程负责计算1000/nproc个z切片的数据。这样每个进程处理的数据块在内存中是连续的,有利于缓存和GPU访问。

2. MPI进程间通信

  • 初始化MPI:在Fortran程序开头,使用USE MPI模块,并调用MPI_Init函数初始化MPI环境。
  • 获取进程信息:使用MPI_Comm_rank获取当前进程的rank,使用MPI_Comm_size获取总进程数。
  • 划分数据:根据进程rank计算每个进程负责的z切片范围。例如,如果总进程数为nproc,进程rank负责的z切片范围是start = rank * (1000 / nproc) + 1end = (rank + 1) * (1000 / nproc) 。如果是最后一个进程,需要处理剩余的数据。
  • 计算局部和:每个进程对自己负责的数据块进行求和计算。
  • 归约操作:使用MPI_Reduce函数将所有进程的局部和归约到根进程(通常是rank 0)。MPI_Reduce函数原型为MPI_Reduce(sendbuf, recvbuf, count, datatype, op, root, comm),其中sendbuf是当前进程的局部和,recvbuf在根进程中用于接收最终结果,count为1,datatypeMPI_DOUBLE_PRECISIONopMPI_SUMroot为0,comm为MPI_COMM_WORLD。

3. OpenACC GPU加速

  • 数据声明:使用!$acc declare create指令声明需要在GPU上创建的数据,即每个进程负责的三维数组切片。例如:
REAL(DP), DIMENSION(1000, 1000, start:end) :: local_array
!$acc declare create(local_array)
  • 并行区域:使用!$acc parallel loop指令对数组切片进行并行求和。可以使用嵌套循环遍历三维数组,在最内层循环进行求和计算。例如:
REAL(DP) :: local_sum = 0.0_DP
!$acc parallel loop reduction(+:local_sum)
DO k = start, end
    DO j = 1, 1000
        DO i = 1, 1000
            local_sum = local_sum + local_array(i, j, k)
        END DO
    END DO
END DO

这里reduction(+:local_sum)确保每个线程的局部和能正确累加到local_sum

4. Fortran数组数据布局对性能的影响及优化

  • Fortran数组布局:Fortran数组是按列优先(column - major)存储的。这意味着在内存中,同一列的元素是连续存储的。在三维数组中,z维度变化最快,其次是y维度,最后是x维度。
  • 性能影响:在GPU加速时,按列优先存储可能会导致内存访问不连续,尤其是当以行为主进行计算时。例如,如果在GPU并行计算中以x维度为最内层循环,由于内存访问不连续,会降低内存带宽利用率,影响性能。
  • 优化方法
    • 转置数据:在GPU计算前对数据进行转置,使数据布局更适合GPU访问模式。但转置操作本身也有开销,需要权衡。
    • 调整循环顺序:根据数据布局调整循环顺序,将变化慢的维度放在最内层循环。在Fortran数组布局下,将z维度放在最内层循环可以提高内存访问的连续性,从而提高性能。例如,将前面的并行求和循环改为:
REAL(DP) :: local_sum = 0.0_DP
!$acc parallel loop reduction(+:local_sum)
DO i = 1, 1000
    DO j = 1, 1000
        DO k = start, end
            local_sum = local_sum + local_array(i, j, k)
        END DO
    END DO
END DO

这样可以提高缓存命中率和内存访问效率,从而优化性能。

完整示例代码(伪代码):

PROGRAM parallel_sum
    USE MPI
    USE, INTRINSIC :: ISO_C_BINDING, ONLY: C_DOUBLE
    IMPLICIT NONE

    INTEGER :: ierr, rank, nproc
    INTEGER :: start, end
    REAL(KIND = C_DOUBLE), DIMENSION(1000, 1000, 1000) :: global_array
    REAL(KIND = C_DOUBLE), DIMENSION(1000, 1000, :), ALLOCATABLE :: local_array
    REAL(KIND = C_DOUBLE) :: local_sum, total_sum

    CALL MPI_Init(ierr)
    CALL MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, rank, ierr)
    CALL MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, nproc, ierr)

    start = rank * (1000 / nproc) + 1
    end = (rank + 1) * (1000 / nproc)
    IF (rank == nproc - 1) end = 1000

    ALLOCATE(local_array(1000, 1000, start:end))
    local_array = global_array(:, :, start:end)

    !$acc declare create(local_array)
    local_sum = 0.0_C_DOUBLE
    !$acc parallel loop reduction(+:local_sum)
    DO i = 1, 1000
        DO j = 1, 1000
            DO k = start, end
                local_sum = local_sum + local_array(i, j, k)
            END DO
        END DO
    END DO

    CALL MPI_Reduce(local_sum, total_sum, 1, MPI_DOUBLE_PRECISION, MPI_SUM, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr)

    IF (rank == 0) THEN
        WRITE(*,*) 'Total sum:', total_sum
    END IF

    DEALLOCATE(local_array)
    CALL MPI_Finalize(ierr)
END PROGRAM parallel_sum